CMEPIUS izvaja dejavnosti javne službe po obsegu in vsebini, določeni s Sklepom o ustanovitvi, ki so združene v tri sklope:

• dejavnosti nacionalnih agencij programov Evropskih skupnosti,
• programi mobilnosti in štipendiranja,
• podporne aktivnosti.

Dejavnosti nacionalnih agencij programov Evropskih skupnosti se nanaša na sodelovanje Slovenije v programih Socrates in Leonardo da Vinci. Socrates je namenjen splošnemu izobraževanju in CMEPIUS skrbi za naslednje akcije: Comenius (področje douniverzitetnega izobraževanja), Lingua (področje jezikov), Minerva (področje IKT), Grundtvig (področje vseživljenjskega izobraževanja), Erasmus (področje visokega šolstva) in Arion študijski obiski. Poleg programa Socrates CMEPIUS skrbi še za program poklicnega in strokovnega izobraževanja in usposabljanja Leonardo da Vinci, od lanskega leta pa tudi za programa eLearning in Erasmus Mundus, ki vključuje samo področje podiplomskega izobraževanja. V okviru programa eLearning CMEPIUS izvaja naloge nacionalne podporne enote (NSS) za akcijo eTwinning. V letu 2005 je CMEPIUS začel z aktivnostmi za vzpostavitev in delovanje nacionalnega informacijskega centra za podporo mobilnosti raziskovalcev (portal ERA-MORE).

CMEPIUS izvaja program štipendiranja za mednarodno mobilnost (CEEPUS, bilaterarlni sporazumi in Fulbright ter študij zamejcev ter potomcev izseljencev. Poleg tega izvajamo še del nalog nacionalnega programov Eurydice in Tuji jeziki ter skupna izvedba tematskih konferenc. CMEPIUS si bo prizadeval, da bo prevzel še nacionalno koordinatorstvo programa ES Tempus in Jean Monet, ki sta vsebinsko komplementarna program Socrates/Erasmus akciji in sta del zadolžitev DG Evropske komisije EAC – enota Erasmus.

Ena izmed podpornih aktivnosti za raziskovalce je tudi nacionalni spletni portal (www.eracareers.si), ki deluje kot del vseevropskega portala za mobilnost raziskovalcev http://europa.eu.int/eracareers. Le ta ponuja tudi možnost, da raziskovalne organizacije oglašujejo prosta delovna mesta in iščejo kandidate, primerne za zaposlitev ter možnost da posamezniki (raziskovalci) svoje življenjepise vnesejo v zbirko podatkov za delovna mesta raziskovalcev.